表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

QC6352

QC6352 是一种有效的 KDM4C 抑制剂,其 IC50 值为 35 nM。

• CAS号：1851373-36-8
• 分子式：C₂₄H₂₅N₃O₂
• 分子量：387.47
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

尿石素B

Urolithin B 是 ellagitannins 的肠道微生物代谢产物之一,具有抗炎和抗氧化作用。Urolithin B 通过降低 IκBα 的磷酸化和降解来抑制NF-κB活性。Urolithin B 抑制 JNK、ERK 和 Akt 的磷酸化,增强 AMPK 的磷酸化。Urolithin B 也是骨骼肌质量的调节因子。

• CAS号：1139-83-9
• 分子式：C₁₃H₈O₃
• 分子量：212.20100
• 类别：AMPK

• 密度：1.395g/cm3
• 沸点：432.6ºC at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：196.6ºC

DC-CPin7

DC-CPin7是CREB结合蛋白(CBP)溴代多巴胺的有效抑制剂,IC50为2.5μM[1]。

• CAS号：893781-17-4
• 分子式：C₁₉H₂₂N₂O₅
• 分子量：358.39
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Seclidemstat mesylate

甲磺酸Seclidemstat(SP-2577)是一种有效的非竞争性可逆KDM1A(LSD1)抑制剂(Ki=31nm,IC50=13nm)。甲磺酸西格列达促进开关/蔗糖不发酵(SWI/SNF)复合物突变卵巢癌的抗肿瘤免疫,并抑制病毒产生、病毒DNA复制和晚期基因表达。甲磺酸Seclidemstat可用于尤文肉瘤的研究[1][2]。

• CAS号：2044953-70-8
• 分子式：C₂₁H₂₇ClN₄O₇S₂
• 分子量：547.04
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

尼拉帕尼甲苯磺酸盐

Niraparib tosylate (MK-4827 tosylate) 是一种高效的 PARP1 和 PARP2 抑制剂,IC50 分别为 3.8 和 2.1 nM。

• CAS号：1038915-73-9
• 分子式：C₂₆H₂₈N₄O₄S
• 分子量：492.59000
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

ADTL-SA1215

ADTL-SA1215是一流的SIRT3特异性小分子激活剂,在三阴性乳腺癌中调节自噬。

• CAS号：782387-91-1
• 分子式：C₂₆H₂₉I₂NO₃
• 分子量：657.32
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

MK8722

MK8722 是一种有效的全身 pan-AMPK 激活剂。

• CAS号：1394371-71-1
• 分子式：C₂₄H₂₀ClN₃O₄
• 分子量：449.89
• 类别：AMPK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

盐酸哌立地尔

盐酸吡贝地尔是一种有效的口服活性多巴胺D2和多巴胺D3激动剂。盐酸吡贝地尔也是α2-肾上腺素受体拮抗剂。盐酸吡贝地尔可抑制MLL1甲基转移酶活性(EC50:0.18μM)。盐酸吡贝地尔在帕金森病、循环系统疾病和癌症的研究中具有潜力[1][2][3][4]。

• CAS号：1451048-94-4
• 分子式：C₁₆H₁₉ClN₄O₂
• 分子量：334.801
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

CPI-0610 carboxylic acid

CPI-0610 carboxylic acid 是一种靶蛋白的配体。CPI-0610 carboxylic acid 在多发性骨髓瘤的治疗中是一种有效的溴结构域和末端蛋白 (BET) 抑制剂。

• CAS号：1380089-81-5
• 分子式：C₂₀H₁₅ClN₂O₃
• 分子量：366.80
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EB-3D

EB-3D是一种新型有效的选择性胆碱激酶ChoKα抑制剂,IC50为1.0 uM(纯化的ChoKα1),强烈损害多种不同癌细胞系的细胞增殖；表现出对HeLa的体外抗增殖作用(IC50=79 nM)),RS4,11(IC50=45nM),A549(IC50=27nM)和MDA-MB-231(IC50=100nM)；对GI50为0.9 nM(MOLT-16细胞)-479 nM(CCRF-CEM)的大量T-白血病细胞系显示出优异的抗增殖活性,减少了PCho的细胞内库,但也抑制了含胆碱的合成。脂质；诱导G0/G1停滞,导致白血病细胞系凋亡；影响AMPK-mTOR信号通路,与地塞米松和L-天冬酰胺酶协同作用。

• CAS号：1839150-63-8
• 分子式：C₃₀H₃₆Br₂N₄O₂
• 分子量：644.452
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

CMPD101

CMPD101,一种新型膜通透性 GRK2 和 GRK3 的小分子抑制剂,IC50 值分别为 18 nM 和 5.4 nM。CMPD101 还抑制 ROCK-2 和 PKCα,IC50 值分别为 1.4 μM 和 8.1 μM。

• CAS号：865608-11-3
• 分子式：C₂₄H₂₁F₃N₆O
• 分子量：466.458
• 类别：岩石

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

dBET6

dBET6 是一种高效的,选择性的,细胞透过的基于 PROTAC 技术的 BET 降解剂,IC50 值为 14 nM,具有抗肿瘤活性。

• CAS号：1950634-92-0
• 分子式：C₄₂H₄₅ClN₈O₇S
• 分子量：841.37
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

CSV0C018875

CSV0C018875是一种基于喹啉的EHMT2/G9a抑制剂。CSV0C018875的细胞毒性低于BIX-01294[1]。

• CAS号：442150-41-6
• 分子式：C₁₈H₁₇ClN₂O
• 分子量：312.79
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Menin-MLL inhibitor 24

美宁MLL抑制剂24(化合物A)是一种美宁混合谱系白血病1(美宁MLI)抑制剂。Menin-MLL抑制剂24可用于癌症研究[1]。

• CAS号：2654081-35-1
• 分子式：C₃₂H₅₀FN₇O₃
• 分子量：599.78
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

3-氯-2,3-双(4-甲氧苯基)丙烯醛(Windorphen)

Windorphen 是一种 Wnt/β-catenin 信号抑制剂,专门针对 β-catenin-1 但不针对 β-catenin-2 的 C 端反式激活结构域的功能。Windorphen 选择性地靶向 p300,破坏哺乳动物 β-catenin 与 p300 的关联,但不破坏 CBP。

• CAS号：19881-70-0
• 分子式：C₁₇H₁₅ClO₃
• 分子量：302.75
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：1.198g/cm3
• 沸点：468.1ºC at 760mmHg
• 熔点：160-163ºC
• 闪点：184.7ºC

ZEN-3862

ZEN-3862 是一种 BET 抑制剂,抑制 BRD4(BD1) 和 BRD4(BD2) 的 IC50 分别为 0.16 和 0.13 μM。ZEN-3862 可用于形成 PROTAC 分子,从而诱导 BRD4 降解。

• CAS号：1952264-33-3
• 分子式：C₁₉H₁₇FN₂O₃
• 分子量：340.35
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

WM-662

WM-662是WDR5-MYC相互作用抑制剂,IC50为18μM。WM-662具有研究癌症、衰老和神经退行性疾病的潜力[1]。

• CAS号：1308257-47-7
• 分子式：C₁₉H₁₈ClN₅O₄
• 分子量：415.83
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Thi-DPPY

Thi-DPPY(化合物8e)是一种有效的口服活性JAK3抑制剂,对BTK和JAK的IC50值分别为62.4和1.38 nM。Thi-DPPY对HBE细胞具有抗增殖活性。Thi-DPPY在体内具有抗炎活性。Thi-DPPY具有研究特发性肺纤维化的潜力[1]。

• CAS号：2307699-34-7
• 分子式：C₂₈H₂₈ClN₅O₄S
• 分子量：566.07
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Y08284

Y08284是一种高效、选择性、口服活性CBP溴代烷抑制剂,IC50为4.21 nM。Y08284抑制前列腺癌细胞系LNCaP、C4-2B和22Rv1的增殖。抗肿瘤活性[1]。

• CAS号：2688745-47-1
• 分子式：C₂₆H₂₅FN₄O₄
• 分子量：476.50
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Biotinylated-JQ1

生物素化JQ1(Biotin-JQ1)是JQ1的一种生物素化衍生物,对BRD4的溴代烷具有高度亲和力。生物素化JQ1抑制MM1。EC50为0.4μM的S多发性骨髓瘤细胞增殖[1]。

• CAS号：1635437-52-3
• 分子式：C₃₉H₅₃ClN₈O₆S₂
• 分子量：829.47
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

HDAC-IN-59

HDAC-IN-59 (compound 13a) 是一种有效的组蛋白脱乙酰酶 (HDAC) 抑制剂。HDAC-IN-59 可以促进细胞内 ROS 的产生,引起 DNA 损伤,阻断细胞周期 G2/M 期,并激活线粒体相关的凋亡途径诱导细胞凋亡。

• CAS号：2944459-43-0
• 分子式：C₂₀H₂₅NO₇
• 分子量：391.42
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EZH2-IN-9

EZH2-IN-9是EZH2的有效抑制剂。EZH2在SET区域的过度表达或突变(Y641F、Y641N、A687V、A677G点突变)都会导致H3K27me3异常升高,并促进多种肿瘤的生长和发展,如乳腺癌、前列腺癌、白血病等。EZH2-in-9具有研究癌症疾病的潜力(摘自专利WO2021180235A1,化合物17)[1]。

• CAS号：2700897-24-9
• 分子式：C₂₈H₃₂ClF₂N₃O₅S
• 分子量：596.09
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PARP1-IN-10

PARP1-IN-10(化合物12c)是一种无细胞毒性且有效的PARP1抑制剂,体外IC50值为50.62 nM。PARP1-IN-10导致细胞周期停滞在G2/M期和凋亡,并增强替莫唑胺(TMZ)的细胞毒性[1]。

• CAS号：2494001-21-5
• 分子式：C₂₀H₂₃N₃O₅
• 分子量：385.41
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PS315

PS315 是 PS48 (HY-15967) 的衍生物,是一种变构性 PKC 抑制剂,可以与 aPKC 的 PIF 口袋结合并诱导活性位点残基 Lys111 置换。PS315 抑制 PKCζ (IC50=10 μM) 和 PKCη (IC50=30 μM) 的全长和催化结构域构建体。PS315 具有抗癌活性。

• CAS号：1221964-50-6
• 分子式：C₂₃H₁₉ClO₂
• 分子量：362.85
• 类别：PKC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

HDAC6-IN-11

HDAC6-IN-11(化合物9)是一种选择性HDAC6抑制剂,IC50值为20.7nM。HDAC6-IN-11的选择性是HDAC和其他亚型的300倍以上。HDAC6-IN-11显示出对癌细胞的抗增殖活性[1]。

• CAS号：2409072-27-9
• 分子式：C₁₉H₁₆N₂O₄
• 分子量：336.34
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

2-氰基-N-(2,5-二溴苯基)-3-羟基-2-丁烯酰胺

LFM-A13是一种强效的BTK、JAK2、PLK抑制剂,抑制重组BTK、Plx1和PLK3,IC50分别为2.5μM、10μM和61μM。LFM-A13具有抗增殖活性和抗癌活性。LFM-A13可用于癌症相关研究[1][3][4]

• CAS号：62004-35-7
• 分子式：C₁₁H₈Br₂N₂O₂
• 分子量：360.00
• 类别：Polo样激酶(PLK)

• 密度：1.9±0.1 g/cm3
• 沸点：487.9±45.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：248.9±28.7 °C

GSK690

GSK 690是赖氨酸特异性脱甲基酶1(LSD1)的可逆抑制剂,Kd值为9 nM,生化IC50为37 nM。

• CAS号：2101305-84-2
• 分子式：C₂₄H₂₃N₃O
• 分子量：369.459
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：530.5±50.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：274.6±30.1 °C

EPZ004777盐酸盐

EPZ004777盐酸盐是高活性DOT1L抑制剂,IC50为0.4 nM。

• CAS号：1380316-03-9
• 分子式：C₂₈H₄₂ClN₇O₄
• 分子量：576.13100
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

NSD3-IN-1

NSD3-IN-1(化合物B1)是组蛋白甲基转移酶NSD3的抑制剂,IC50值为28.58μM[1]。

• CAS号：347340-51-6
• 分子式：C₁₃H₁₃N₅OS
• 分子量：287.34
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EZH2-IN-3

EZH2-IN-3是EZH2和EZH1的高选择性小分子抑制剂,wt EZH2/EZH2 Y641N/wt EZH1的IC50分别为21/197/213 nM；抑制全局组蛋白H3赖氨酸27甲基化并引起选择性增殖缺陷。

• CAS号：1377997-28-8
• 分子式：C₂₇H₂₈ClN₅O₂
• 分子量：489.996
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：666.4±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：356.8±31.5 °C