表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

NI 42

NI-42 (compound 13-d),一种 BRPFS 正交结构的化学探针,是有偏向性的 BRPFs 的溴结构域 (BRD) 抑制剂 (IC50: BRPF1/2/3=7.9/48/260 nM; Kd: BRPF1/2/3=40/210/ 940 nM), 与非分类 IV BRD 蛋白相比具有很好的选择性。

• CAS号：1884640-99-6
• 分子式：C₁₈H₁₅N₃O₃S
• 分子量：353.40
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

NSC 694623

NSC 694623是一种有效的组蛋白乙酰转移酶(HAT)抑制剂,重组HAT p300/CBP相关因子(PCAF)的IC50值为15.9μM。NSC 694623对某些癌细胞具有抗增殖活性。NSC 694623可用于研究抗癌药物[1]。

• CAS号：907957-34-0
• 分子式：C₁₆H₁₆N₂OS
• 分子量：284.38
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

GSK2801

GSK2801是BAZ2A和BAZ2B高效选择性抑制剂,Kd值分别为136nM和257nM。

• CAS号：1619994-68-1
• 分子式：C₂₀H₂₁NO₄S
• 分子量：371.450
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PTG-0861

PTG-0861(JG-265)是一种新型高效、选择性HDAC6抑制剂,IC50为5.92 nM,选择性是其他HDACs的36倍以上。PTG-0861(JG-265)显示HDAC6细胞靶向结合,EC50为0.59μm(ELISA),体外和细胞选择性优于HDAC6选择性抑制剂西他林他汀(ACY-241)。PTG-0861(JG-265)对多种血癌细胞系(如MV4-11、MM1S)具有一定的抑制作用,同时对非恶性细胞和CD-1小鼠的细胞毒性有限。PTG-0861(JG-265)具有良好的体外药代动力学,在细胞和体内均具有良好的安全性。

• CAS号：2494082-34-5
• 分子式：C₁₅H₉F₅N₂O₃
• 分子量：360.24
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

丙戊酸钠

Valproic acid sodium salt是一种用于治疗癫痫,双相情感障碍和偏头痛的抗惊厥药。 Valproic acid抑制组蛋白脱乙酰基酶1 (HDAC1) 的 IC50 为 0.4 mM。

• CAS号：1069-66-5
• 分子式：C₈H₁₅NaO₂
• 分子量：166.193
• 类别：自噬

• 密度：1.0803 g/cm3
• 沸点：220ºC at 760 mmHg
• 熔点：300 °C
• 闪点：STABILITY

Dihydro-5-azacytidine

核苷类似物二氢-5-氮杂胞苷(DHAC)被并入DNA并抑制DNA甲基化。二氢-5-氮杂胞苷具有抗肿瘤活性[1][2]。

• CAS号：62488-57-7
• 分子式：C₈H₁₄N₄O₅
• 分子量：246.221
• 类别：核苷抗代谢药/类似物

• 密度：2.1±0.1 g/cm3
• 沸点：529.1ºC at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：273.8ºC

5-氯-2(1H)-吡啶酮 (2E)-(苯基-2-吡啶基亚甲基)腙

JIB-04 是 Jumonji 组蛋白去甲基酶 (Jumonji histone demethylase) 广谱抑制剂,能抑制 JARID1A,JMJD2E,JMJD3,JMJD2A,JMJD2B,JMJD2C 和 JMJD2D 的活性,其 IC50 值分别为 230,340,855,445,435,1100 和 290 nM。

• CAS号：199596-05-9
• 分子式：C₁₇H₁₃ClN₄
• 分子量：308.765
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：472.9±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：239.8±31.5 °C

PIN1 inhibitor 2

PIN1抑制剂2(化合物12)是一种有效的PIN1抑制剂。PIN1抑制剂2对MCF7细胞的IC50为9.55µM,显示出抗肿瘤活性。PIN1抑制剂2具有研究乳腺癌的潜力[1]。

• CAS号：2417101-28-9
• 分子式：C₁₆H₂₁N₃S₂
• 分子量：319.49
• 类别：微RNA

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EB-47

EB-47 是一种有效的 PARP-1/ARTD-1 选择性抑制剂,IC50 值为 45 nM,对 ARTD5 的IC50 值为 410 nM,表现出温和的药效。EB-47 模拟底物 NAD+,从烟酰胺延伸至腺苷亚区结合。

• CAS号：366454-36-6
• 分子式：C₂₄H₂₇N₉O₆
• 分子量：537.52800
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

OTS186935

OTS186935 是一种有效的蛋白甲基转移酶 SUV39H2 抑制剂,IC50 值为 6.49 nM.

• CAS号：2093400-18-9
• 分子式：C₂₅H₂₆ClN₅O₂
• 分子量：463.96
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

D,L-赤型-二氢鞘氨醇

DL-红二氢鞘氨醇是PKC和磷脂酶A2(PLA2)的有效抑制剂[1][2]。

• CAS号：3102-56-5
• 分子式：C₁₈H₃₉NO₂
• 分子量：301.50800
• 类别：PKC

• 密度：0.927g/cm3
• 沸点：446.2ºC at 760 mmHg
• 熔点：70-72ºC
• 闪点：223.7ºC

CBP/p300-IN-19 hydrochloride

CBP/p300-IN-19盐酸盐是一种有效的选择性p300/CBP-HAT抑制剂,对于p300-HAT、CBP-HAT、PCAF和Myst3,IC50s分别为1.4、2.2、>100、>100µM。CBP/p300-IN-19盐酸盐具有抗肿瘤活性[1]。

• CAS号：2592638-14-5
• 分子式：C₃₀H₂₈ClN₃O₃
• 分子量：514.01
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PROTAC BRD4 Degrader-1

PROTAC BRD4 Degrader-1 是有效的 BRD4 degrader 降解剂,抑制 BRD4 BD1 的 IC50 为 41.8 nM。PROTAC BRD4 Degrader-1 可以有效降解 BRD4 蛋白并抑制 c-Myc 表达。

• CAS号：2133360-00-4
• 分子式：C₄₀H₃₇N₉O₈
• 分子量：771.78
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

N-(3-(咪唑并[2,1-b]噻唑-6-基)苯基)-2-甲氧基苯甲酰胺

Sirtuin调制器2(化合物132)是一种ED50等于或小于50μM的Sirtuiin调制器[1]。

• CAS号：667910-69-2
• 分子式：C₁₉H₁₅N₃O₂S
• 分子量：349.41
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

姜黄素

Curcumin是一种天然酚类化合物,具有抗炎,抗氧化,抗增殖和抗血管生成等多种活性。 Curcumin是p300组蛋白乙酰转移酶 ((HATs)) 抑制剂,也显示对 NF-κB 和MAPKs 的抑制作用。

• CAS号：458-37-7
• 分子式：C₂₁H₂₀O₆
• 分子量：368.380
• 类别：自噬

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：593.2±50.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：183 °C
• 闪点：209.7±23.6 °C

GSK-J5 hydrochloride

GSK-J5 hydrochloride 是具有细胞的 GSK J2 (HY-15648A) 的细胞渗透酯衍生物,无活性。GSK-J5 hydrochloride 也是GSK-J4 (HY-15648B) 的异构体,常被用作阴性基团。

• CAS号：1797983-32-4
• 分子式：C₂₄H₂₈ClN₅O₂
• 分子量：453.96
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

SRT3657

SRT3657 是一种可透过血脑屏障的 SIRT1 激活剂,具有神经保护作用。

• CAS号：1383551-17-4
• 分子式：C₄₀H₅₄N₈O₆S
• 分子量：774.97
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

C646

C646 是选择性,竞争性的 histone acetyltransferase p300 抑制剂,Ki 值为 400 nM,对其他的乙酰转移酶作用较小。

• CAS号：328968-36-1
• 分子式：C₂₄H₁₉N₃O₆
• 分子量：445.424
• 类别：自噬

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：662.6±65.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：224-226℃
• 闪点：354.5±34.3 °C

4-碘辛二酰苯胺氧肟酸

4-碘-SAHA(1k)是一种口服活性I类和II类组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂,对Skbr3、HT29、U937、JA16和HL60细胞系的EC50分别为1.1、0.95、0.12、0.24、0.85和1.3μM。4-碘-SAHA(1k)可用于癌症研究[1]。

• CAS号：1219807-87-0
• 分子式：C₁₄H₁₉IN₂O₃
• 分子量：390.217
• 类别：HDAC

• 密度：1.6±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

4-苯基丁酸

Benzenebutyric acid 是一种组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 和内质网应激 (ER) 抑制剂,可用于癌症和感染等疾病的研究。

• CAS号：1821-12-1
• 分子式：C₁₀H₁₂O₂
• 分子量：164.201
• 类别：HDAC

• 密度：1.1±0.1 g/cm3
• 沸点：290.7±9.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：49-52ºC
• 闪点：187.9±13.9 °C

科林

Corin 是组氨酸赖氨酸特异性去甲基化酶 (LSD1) 和组氨酸脱乙酰化酶 (HDAC) 的双重抑制剂,其对 LSD1 的 Ki(inact) 值为 110 nM,对 HDAC1 的 IC50 值为 147 nM。

• CAS号：1808113-09-8
• 分子式：C₂₆H₂₈N₄O₂
• 分子量：428.53
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Menin-MLL inhibitor 19

Menin MLL抑制剂19,一种有效的Menin MLL相互作用外氮杂螺环抑制剂,实例A17,从专利WO2019120209A1中提取。美宁MLL抑制剂19可用于各种疾病的研究,如癌症、骨髓增生异常综合征(MDS)和糖尿病[1]。

• CAS号：2360487-93-8
• 分子式：C₃₀H₃₄F₃N₇O₄S
• 分子量：645.70
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

DNMT3A-IN-1

DNMT3A-IN-1是一种有效的选择性DNMT3A抑制剂。DNMT3A-IN-1显示出针对DNMT3A的抑制剂活性,kI值范围为9.16-18.85μM(AdoMet)和11.37-23.34μM(poly-dI-dC)[1]。

• CAS号：1403598-56-0
• 分子式：C₃₀H₃₈N₆O₄
• 分子量：546.66
• 类别：DNA甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

N-羟基-2-[[[2-(6-甲氧基吡啶-3-基)-4-(吗啉-4-基)噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-基]甲基](甲基)氨基]嘧啶-5-甲酰胺

Fimepinostat (CUDC-907) 有效抑制 I 型 PI3K 及 I 和 II 型 HDAC 酶,作用于 PI3Kα/PI3Kβ/PI3Kδ 和 HDAC1/HDAC2/HDAC3/HDAC10 ,IC50 分别为 19/54/39 nM 和 1.7/5.0/1.8/2.8 nM。

• CAS号：1339928-25-4
• 分子式：C₂₃H₂₄N₈O₄S
• 分子量：508.553
• 类别：HDAC

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

8-fluoro-2-(4-methylaminomethyl-phenyl)-1,3,4,5-tetrahydro-azepino[5,4,3-cd]indol-6-one acetate

醋酸鲁卡帕里(AG014699)是一种口服活性、有效的PARP蛋白抑制剂(PARP-1、PARP-2和PARP-3),PARP1的Ki为1.4 nM。醋酸鲁卡帕里是一种适度的己糖-6-磷酸脱氢酶(H6PD)抑制剂。醋酸鲁卡帕利在抗去势前列腺癌(CRPC)研究[1][2][3][4]方面具有潜力。

• CAS号：773059-23-7
• 分子式：C₂₁H₂₂FN₃O₃
• 分子量：383.41600
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

N-[[[4-(乙酰氨基)苯基]氨基]硫代甲酰]-4-叔丁基苯甲酰胺

Tenovin-1 是 sirtuin 1 和 sirtuin 2 的抑制剂,同时可激活 p53,在癌症研究中可能具有潜在的治疗作用。

• CAS号：380315-80-0
• 分子式：C₂₀H₂₃N₃O₂S
• 分子量：369.480
• 类别：MDM-2/p53

• 密度：1.238±0.06 g/cm3 (20 ºC 760 Torr)
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

BAZ2-ICR

BAZ2-ICR 是一种有效的,选择性的,具有细胞活性和口服活性的 BAZ2A/B 溴结构域抑制剂,IC50 分别为 130 nM 和 180 nM,Kd 分别为 109 nM 和 170 nM。BAZ2-ICR 结合 BAZ2A/B 的选择性比 CECR2 高 10-15 倍,比其他溴结构域 高 100 倍以上。BAZ2-ICR 是一种表观遗传化学探针。

• CAS号：1665195-94-7
• 分子式：C₂₀H₁₉N₇
• 分子量：357.412
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：632.8±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：336.5±31.5 °C

Y06137

Y06137 是一种有效的选择性 BET 抑制剂,可与 BRD4(1) 溴结构域结合,Kd 值为 81 nM。具有抗肿瘤活性。

• CAS号：2226534-49-0
• 分子式：C₂₇H₃₂N₄O₂
• 分子量：444.57
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

来他替尼

Lestaurtinib (CEP-701;KT-5555) 是一种多激酶抑制剂,对Trk受体酪氨酸激酶家族具有强大的活性。 Lestaurtinib抑制JAK2,FLT3 和 TrkA 的 IC50 分别为0.9,3,小于25 nM。

• CAS号：111358-88-4
• 分子式：C₂₆H₂₁N₃O₄
• 分子量：439.463
• 类别：JAK

• 密度：1.7±0.1 g/cm3
• 沸点：723.0±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：215-220ºC
• 闪点：391.0±32.9 °C

3-去氮腺嘌呤A

3-Deazaneplanocin A hydrochloride 是一种有效的组蛋白甲基转移酶 (EZH2) 抑制剂。

• CAS号：120964-45-6
• 分子式：C₁₂H₁₅ClN₄O₃
• 分子量：298.725
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：168-169℃
• 闪点：N/A