表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

双吲哚马来酰亚胺 II

双吲哚马来酰亚胺II是所有PKC亚型的通用抑制剂[1]。

• CAS号：137592-45-1
• 分子式：C₂₇H₂₆N₄O₂
• 分子量：438.521
• 类别：PKC

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：709.9±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：383.1±32.9 °C

米哚妥林

Midostaurin (CGP41231; PKC412) 是一种多靶点蛋白激酶抑制剂,抑制 PKCα/β/γ,Syk,Flk-1,Akt,PKA,c-Kit,c-Fgr,c-Src,FLT3,PDFRβ 和 VEGFR1/2的 IC50 在 16-500 nM。

• CAS号：120685-11-2
• 分子式：C₃₅H₃₀N₄O₄
• 分子量：570.637
• 类别：PKC

• 密度：1.5±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

瓜地西他钠

S-110是由5-Aza-CdR和脱氧鸟苷组成的二核苷酸,是有效的DNA甲基化 (DNA methylation inhibitor) 抑制剂。

• CAS号：929904-85-8
• 分子式：C₁₈H₂₃N₉NaO₁₀P
• 分子量：579.39300
• 类别：DNA甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

MRTX9768

MRTX9768是一种口服有效的PRMT5抑制剂。MRTX9768是一种合成的致死性抑制剂,旨在结合PRMT5-MTA复合物,并选择性靶向MTAP/CDKN2A缺失肿瘤[1]。

• CAS号：2629314-68-5
• 分子式：C₂₄H₁₇FN₆O
• 分子量：424.43
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1,2-二氢-3-吡啶基)甲基]-3-甲基-1-(异丙基)-6-[6-(4-甲基-1-哌嗪基)-3-吡啶基]-1H-吲哚-4-甲酰胺

GSK503是高效特异性的EZH2甲基转移酶抑制剂,Kiapp值为3到27 nM。

• CAS号：1346572-63-1
• 分子式：C₃₁H₃₈N₆O₂
• 分子量：526.672
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：798.6±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：436.8±32.9 °C

Histone Acetyltransferase抑制剂

Remodelin是乙酰基转移酶NAT10的新型强效选择性抑制剂。

• CAS号：949912-58-7
• 分子式：C₁₅H₁₄N₄S
• 分子量：282.363
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：498.9±47.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：255.5±29.3 °C

5-苯基戊烷-2-酮

苯丁酸是一种有效的组蛋白去乙酰化酶(HDACs)抑制剂。苯丁酸酯可用于尿素循环障碍的研究[1][2]。

• CAS号：2235-83-8
• 分子式：C₁₁H₁₄O
• 分子量：162.22800
• 类别：HDAC

• 密度：0.96g/cm3
• 沸点：261.2ºC at 760mmHg
• 熔点：106-107 °C
• 闪点：121.5ºC

FIM-1

FIM-1是一种荧光PKC(蛋白激酶C)探针,可用于线粒体染色。FIM-1抑制PKC并作为ATP竞争催化位点抑制剂[1]。

• CAS号：220518-50-3
• 分子式：C₄₅H₃₂N₄O₈
• 分子量：756.758
• 类别：PKC

• 密度：1.5±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

8-氟-1,2,3,4-四氢-N-[(1R)-2-氧代-2-(1-吡咯烷基)-1-[[3-(三氟甲基)苯基]甲基]乙基]-6-异喹啉磺酰胺

PFI-2是甲基转移酶SETD7高效选择性抑制剂,IC50值为2nM。

• CAS号：1627676-59-8
• 分子式：C₂₃H₂₅F₄N₃O₃S
• 分子量：499.522
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：1.371±0.06 g/cm3
• 沸点：642.7±65.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：342.5±34.3 °C

HSP70/SIRT2-IN-2

HSP70/SIRT2-IN-2 (Compounds 1a) 是 SIRT2 和 HSP70 的双重抑制剂,IC50 为 45.1±5.0 μM。HSP70/SIRT2-IN-2 具有抗肿瘤活性。

• CAS号：1796557-72-6
• 分子式：C₁₇H₁₃N₃S₃
• 分子量：355.50
• 类别：HSP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

JAK2-IN-9

JAK2-IN-9 (Compound A8) 是一种选择性的 JAK2 抑制剂 (IC50: 5 nM)。JAK2-IN-9 抑制 JAK2、STAT3 和 STAT5 的磷酸化。JAK2-IN-9 具有代谢稳定性。JAK2-IN-9 诱导细胞凋亡(apoptosis)。JAK2-IN-9 可用于骨髓增生性肿瘤 (MPN) 的研究。

• CAS号：2568842-26-0
• 分子式：C₂₀H₂₄N₆O₂S
• 分子量：412.51
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

KDM4-IN-4

KDM4-IN-4(化合物47)是一种有效的组蛋白赖氨酸去甲基化酶4(KDM4)抑制剂,对KDM4A Tudor结构域具有约80μM的适度亲和力结合。KDM4-IN-4可抑制细胞中H3K4Me3与Tudor结构域的结合,EC50值为105μM。KDM4-IN-4可用于研究抗癌药物[1]。

• CAS号：2230475-63-3
• 分子式：C₁₆H₂₃NO
• 分子量：245.36
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

MM-401

MM-401是MLL1-WDR5相互作用的有效抑制剂,IC50为0.9 nM,可破坏WDR5-MLL1相互作用。MM-401与WDR5保持高结合亲和力(Ki<1 nM)。MM-401特异性抑制MLL1 H3赖氨酸(K)4甲基转移酶活性,但不影响其他MLL家族组蛋白甲基转移酶(HMT)。MM-401可用于MLL白血病的研究[1]。

• CAS号：1442106-10-6
• 分子式：
• 分子量：
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

BChE/HDAC6-IN-2

BChE/HDAC6-IN-2 (compound 29a) 是 BChE 和 HDAC6 的双重抑制剂,IC50 分别为 1.8 nM 和 71.0 nM。BChE/HDAC6-IN-2 具有显着的神经保护作用和活性氧 (ROS) 清除活性。BChE/HDAC6-IN-2 也是金属离子 (Fe2+ 和 Cu2+)的有效螯合剂。BChE/HDAC6-IN-2 抑制 tau 磷酸化,并表现出中等的免疫调节作用。

• CAS号：2925457-33-4
• 分子式：C₂₇H₃₀N₄O₄
• 分子量：474.55
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

dBRD9

dBRD9是桥接BRD9溴结构域和cereblon E3泛素连接酶复合物的PROTAC；与亲本配体相比表现出显着增强的效力(10-100倍)。

• CAS号：2170679-45-3
• 分子式：C₄₀H₄₅N₇O₁₀
• 分子量：783.839
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

盐酸依替福林

盐酸阿替勒林是一种口服活性α肾上腺素能激动剂。盐酸依替勒林也是AMPK激活剂。盐酸依替勒林可用于体位性低血压的研究[1][2][3][4]。

• CAS号：943-17-9
• 分子式：C₁₀H₁₆ClNO₂
• 分子量：217.69
• 类别：AMPK

• 密度：1.127g/cm3
• 沸点：351.7ºC at 760 mmHg
• 熔点：122ºC
• 闪点：155.5ºC

MK 5108

MK-5108是高效和特异性的Aurora-A激酶抑制剂,IC50值为0.064 nM。

• CAS号：1010085-13-8
• 分子式：C₂₂H₂₁ClFN₃O₃S
• 分子量：461.937
• 类别：极光激酶

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：637.6±65.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：339.4±34.3 °C

CPI-4203

CPI-4203是一种有效的KDM5A抑制剂,IC50为250nM。CPI-4203与2-氧戊二酸(2-OG)竞争。CPI-4203在结构上与CPI-455(HY-100421)相关,但效力较弱[1]。

• CAS号：1628214-07-2
• 分子式：C₁₆H₁₄N₄O
• 分子量：278.309
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：499.4±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：255.8±31.5 °C

3-甲氧基苯甲酰胺

3-Methoxybenzamide (3-MBA) 是 ADP-核糖转移酶 (ADPRTs) 和 PARP 的抑制剂,抑制枯草芽孢杆菌的细胞分裂,导致细胞最终裂解。3-Methoxybenzamide (3-MBA) 可促进蓝薯 (Solanum tuberosum L. subsp. andigenum) 植株的生长、微瘤化和转化效率。

• CAS号：5813-86-5
• 分子式：C₈H₉NO₂
• 分子量：151.163
• 类别：PARP

• 密度：1.1±0.1 g/cm3
• 沸点：280.0±23.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：132.5-135.5 °C(lit.)
• 闪点：146.8±18.9 °C

SPC-180002

SPC-180002 是一种 SIRT1/3 双重抑制剂,其IC50值分别为 1.13 μM 和 5.41 μM。SPC-180002 通过 ROS 的产生扰乱氧化还原稳态,从而导致 p21 蛋白稳定性增加和线粒体功能障碍。SPC-180002 强烈抑制细胞周期进程和癌细胞生长。SPC-180002 激活 Nrf2 信号通路。

• CAS号：2170274-53-8
• 分子式：C₁₈H₂₃NO₄
• 分子量：317.38
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Palmatine hydroxide

氢巴马汀是一种口服活性和不可逆的吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO-1)抑制剂,对HEK 293-hIDO-1和rhIDO-2的IC50分别为3μM和157μM。氢巴马汀还可以非竞争性方式抑制西尼罗河病毒(WNV)NS2B-NS3蛋白酶,IC50为96μM。氢巴马汀具有抗癌、抗氧化、抗炎、神经保护、抗菌和抗病毒活性[1][2][3][4][5]。

• CAS号：131-04-4
• 分子式：C₂₁H₂₃NO₅
• 分子量：369.41100
• 类别：细菌

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PAD4-IN-2

PAD4-IN-2(化合物5i)是PAD4抑制剂(IC50＝1.94μM)。PAD4-IN-2通过特异性抑制中性粒细胞中的PAD4-H3cit-NETs途径来抑制小鼠的肿瘤生长[1]。

• CAS号：2642327-52-2
• 分子式：C₂₀H₂₃BClN₇O₆
• 分子量：503.70
• 类别：癌症

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

狼毒素

洋甘菊是一种双黄酮类化合物,可从狼毒的根中分离出来。洋甘菊具有抗肿瘤活性。洋甘菊诱导细胞凋亡、自噬和ROS产生,并激活AMPK/mTOR信号通路的活性[1]。

• CAS号：69618-96-8
• 分子式：C₃₀H₂₂O₁₀
• 分子量：542.49000
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Sphingosine (d14:1)

鞘氨醇(d14:1)(十四烷基鞘氨醇-4-烯酸)是一种鞘脂,是一种有效的蛋白激酶C(PKC)抑制剂。鞘氨醇(d14:1)阻止其与sn-1,2-二酰甘油(DAG)/佛波酯的相互作用【1】。

• CAS号：24558-60-9
• 分子式：C₁₄H₂₉NO₂
• 分子量：243.38600
• 类别：PKC

• 密度：0.963 g/cm3
• 沸点：392.552ºC at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：191.209ºC

T-448 free base

T-448 free base 是赖氨酸特异性去甲基化酶1 (LSD1,一种H3K4去甲基化酶) 不可逆的、口服有效的抑制剂,IC50 值为 22 nM。T-448 free base能够加强原代培养的大鼠神经元中H3K4的甲基化。

• CAS号：1597426-52-2
• 分子式：C₁₇H₂₀N₄OS
• 分子量：328.434
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

AZD5153 6-羟基-2-萘甲酸

AZD5153 6-Hydroxy-2-naphthoic acid是AZD5153的6-羟基-2-萘甲酸盐形式。AZD5153是一种有效选择性,有口服活性的BET/BRD4溴结构域抑制剂; 干扰BRD4的IC50值为1.7nM。

• CAS号：1869912-40-2
• 分子式：C₃₆H₄₁N₇O₆
• 分子量：667.75
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

BET-IN-1

BET-IN-1是溴区酶抑制剂, plC50为6.0-7.0。

• CAS号：1422554-34-4
• 分子式：C₂₅H₃₀N₄O₄
• 分子量：450.530
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：613.9±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：325.1±31.5 °C

CEP-9722

CEP-8983的前药CEP-9722是一种选择性口服活性PARP-1和PARP-2抑制剂,IC50分别为20nm和6nm。CEP-9722具有抗癌作用[1][2]。

• CAS号：916574-83-9
• 分子式：C₂₄H₂₆N₄O₃
• 分子量：418.49
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(E)-Tripolin A

Tripolin A ((E)-Tripolin A) 是特异性的,非ATP 竞争性的 Aurora A 激酶抑制剂,其对Aurora A 和Aurora B 的 IC50 分别为1.5 μM 和7 μM。

• CAS号：1148118-92-6
• 分子式：C₁₅H₁₁NO₃
• 分子量：253.25274
• 类别：极光激酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：265℃ (decomposition)
• 闪点：N/A

吩嗪-1-甲酰胺

氧氯芬可以从土壤中天然存在的聚菌Pantoea中分离出来。氧氯芬具有广谱抗真菌活性。氧氯芬具有剂量依赖性的细胞毒性并诱导细胞凋亡。氧氯芬可用于癌症研究[1][2]。

• CAS号：550-89-0
• 分子式：C₁₃H₉N₃O
• 分子量：223.23000
• 类别：真菌

• 密度：1.371g/cm3
• 沸点：526.1ºC at 760 mmHg
• 熔点：242ºC
• 闪点：272ºC