表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

SGC707

SGC707是一种PRMT3化学探针, 是强效的选择性和具有细胞活性的PRMT3变构抑制剂, IC50值为31 nM。

• CAS号：1687736-54-4
• 分子式：C₁₆H₁₈N₄O₂
• 分子量：298.340
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：538.5±46.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：279.5±29.0 °C

JQAD1

JQAD1是一种依赖于CRBN的PROTAC,选择性地靶向EP300进行降解。JQAD1抑制EP300表达和H3K27ac修饰。JQAD1诱导细胞凋亡。JQAD1可用于癌症研究[1]。

• CAS号：2417097-18-6
• 分子式：C₄₈H₅₂F₄N₆O₉
• 分子量：932.95
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Aurora Kinases-IN-4

极光激酶-IN-4(化合物11c)是共价的和ATP竞争性的极光激酶a抑制剂(IC50:1.7nM)。Aurora激酶-IN-4抑制SJSA-1、MDA-MB-231、A54、HeLa细胞的增殖,IC50分别为4.27、1.54、3.08、6.99μM。Aurora激酶-IN-4可用于癌症三阴性研究[1]。

• CAS号：2877011-84-0
• 分子式：C₂₆H₂₈N₈O
• 分子量：468.55
• 类别：极光激酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

AMPK activator 10

AMPK激活剂10是一种口服活性的强效AMPK激活物,通过细胞ELISA检测EC150为44.3nM。AMPK激活剂10增加ACC的磷酸化水平。AMPK激活器10表现出葡萄糖降低作用[1]。

• CAS号：1914176-03-6
• 分子式：C₂₄H₂₆ClFN₄O₆
• 分子量：520.94
• 类别：AMPK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

YF-2

YF-2 是一种高度选择性、可透过血脑屏障的组蛋白乙酰转移酶 (histone acetyltransferase) 激动剂,能够在海马区乙酰化 H3,对 CBP,PCAF 和 GCN5 的 EC50 值分别为 2.75 μM,29.04 μM 和 49.31 μM,对 HDAC 无作用。具有抗肿瘤和抗阿尔滋海默症的活性。

• CAS号：1311423-89-8
• 分子式：C₂₀H₂₂ClF₃N₂O₃
• 分子量：430.84800
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

2-甲基-4(1H)-喹唑啉酮

2-Methylquinazolin-4-ol 是一种高效、竞争性的 poly(ADP-ribose) synthetase 抑制剂,其 Ki 值为 1.1 μM。2-Methylquinazolin-4-ol 是哺乳动物天冬氨酸氨基转移酶 (ATCase) 抑制剂,其 IC50 值为 0.20 mM。

• CAS号：1769-24-0
• 分子式：C₉H₈N₂O
• 分子量：160.17300
• 类别：PARP

• 密度：1.26 g/cm3
• 沸点：305.4ºC at 760 mmHg
• 熔点：231-233ºC(lit.)
• 闪点：138.5ºC

伪原薯蓣皂苷

Pseudoprotodioscin,一种呋喃葡糖苷,抑制 SREBP1/2 和 microRNA 33a/b 水平,降低胆固醇和甘油三酯合成相关的基因表达。

• CAS号：102115-79-7
• 分子式：C₅₁H₈₂O₂₁
• 分子量：1031.184
• 类别：微RNA

• 密度：1.45 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PCAF-IN-2

PCAF-IN-2(化合物17)是一种有效的PCAF抑制剂,IC50值为5.31µM。PCAF-IN-2具有抗肿瘤活性。CAF-IN-2诱导细胞凋亡并将细胞周期阻滞在G2/M期[1]。

• CAS号：56173-05-8
• 分子式：C₁₀H₇F₃N₆
• 分子量：268.20
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

AMPK activator 2

AMPK激活剂2(化合物7a)是一种含氟的丙胍衍生物,上调AMPK信号通路,下调mTOR/4EBP1/p70S6K。AMPK激活剂2抑制人类癌细胞系(UMUC3、T24、A549)的增殖和迁移[1]。

• CAS号：2410961-69-0
• 分子式：C₁₃H₁₈F₃N₅
• 分子量：301.31
• 类别：AMPK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

东莨菪甙； 东莨菪苷

Scopolin 是一种从拟南芥 (Arabidopsis) 根中分离出来的香豆素。Scopolin 通过激活SIRT1 介导的信号级联反应减轻了肝脂肪变性。

• CAS号：531-44-2
• 分子式：C₁₆H₁₈O₉
• 分子量：354.309
• 类别：抗衰老酶

• 密度：1.6±0.1 g/cm3
• 沸点：650.2±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：217ºC
• 闪点：241.5±25.0 °C

Tazemetostat trihydrochloride

Tazemetostat trihydrochloride (EPZ-6438 trihydrochloride) 是一种有效,选择性,口服的 EZH2 抑制剂。Tazemetostat trihydrochloride 抑制含有 PRC2 复合体的野生型 EZH2 的活性, Ki 值为 2.5 nM。Tazemetostat trihydrochloride 抑制 EZH2,在肽测定和核小体测定中 IC50 分别为 11 和 16 nM。Tazemetostat trihydrochloride 抑制大鼠 EZH2,IC50 为 4 nM。Tazemetostat trihydrochloride 还抑制 EZH1,IC50 为 392 nM。

• CAS号：1403255-00-4
• 分子式：C₃₄H₄₇Cl₃N₄O₄
• 分子量：682.12
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

SIRT2-IN-10

SIRT2-IN-10(化合物12)是一种有效的SIRT2抑制剂,IC50为1.3μM。SIRT2-IN-10可用于癌症和神经退行性疾病的研究[1]。

• CAS号：296793-09-4
• 分子式：C₂₈H₂₁N₅OS
• 分子量：475.56
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

奥拉帕尼

Olaparib (AZD2281; KU0059436) 是一种有效的 PARP 抑制剂,抑制 PARP-1 和 PARP-2 的 IC50 分别为 5 和 1 nM。

• CAS号：763113-22-0
• 分子式：C₂₄H₂₃FN₄O₃
• 分子量：434.463
• 类别：自噬

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(SER25)-PROTEIN KINASE C (19-31)

[Ser25]蛋白激酶C(19-31)是蛋白激酶C的底物(Km:0.3μM)。[Ser25]蛋白激酶C(19-31)源自PKCα(19-31)的伪底物调节结构域,25位的丝氨酸取代了野生型丙氨酸[1]。

• CAS号：136795-05-6
• 分子式：C₆₇H₁₁₈N₂₆O₁₇
• 分子量：1559.818
• 类别：PKC

• 密度：1.5±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

DPPY

DPPY(化合物6)是一种有效的PTK抑制剂,对于EGFR、BTK和JAK3,IC50值分别为<10、<10、<10 nM。DPPY对B细胞淋巴瘤细胞具有抗增殖活性。DPPY具有研究特发性肺纤维化的潜力[1]。

• CAS号：2095883-62-6
• 分子式：C₂₅H₂₆ClN₇O₃
• 分子量：507.97
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

TK4g

TK4g是一种Janus激酶(JAK)抑制剂,JAK2和JAK3的IC50值分别为12.61 nM和15.80 nM。TK4g可用于淋巴源性疾病和白血病癌症研究[1]。

• CAS号：2232890-86-5
• 分子式：C₁₉H₁₉N₃O₄S
• 分子量：385.44
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(S)-(6-乙酰氨基1-((4-甲基-2-氧代-2H-色烯-7-基)氨基)-1-氧代己烷-2-基)氨基甲酸叔丁酯

Boc-Lys(Ac)-AMC是一种可渗透细胞的荧光HDAC基质(Ex/Em=355 nm/460 nm)[1][2]。

• CAS号：233691-67-3
• 分子式：C₂₃H₃₁N₃O₆
• 分子量：445.50900
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(Rac)-Ruxolitinib D9

(Rac)-RUXOLITINB D9((Rac)-INCB18424 D9)是氘标记的(Rac)-RUXOLITINB(Rac)-Ruxolitinib是一种JAK2抑制剂[1]。

• CAS号：2469553-67-9
• 分子式：C₁₇H₉D₉N₆
• 分子量：315.42
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

短叶老鹤草素A

Brevilin A 是一种从 Centipeda minima 中分离的倍半萜内酯,具有抗癌活性。Brevilin A 是一种选择性的 JAK-STAT 信号通路抑制剂,通过减弱 JAK 信号和 阻塞 STAT3 信号起作用。Brevilin A 通过线粒体途径和 PI3K/AKT/mTOR 失活诱导结肠腺癌细胞 CT26 的凋亡和自噬。

• CAS号：16503-32-5
• 分子式：C₂₀H₂₆O₅
• 分子量：346.417
• 类别：细胞凋亡

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：494.0±45.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：216.0±28.8 °C

Xanthoangelol

Xanthoangelol 可从Angelica keiskei 中分离得到,可抑制肥胖引起的炎症反应。Xanthoangelol 具有抗菌活性。Xanthoangelol 可抑制单胺氧化酶。Xanthoangelol 诱导神经母细胞瘤和白血病细胞凋亡。

• CAS号：62949-76-2
• 分子式：C₂₅H₂₈O₄
• 分子量：392.48700
• 类别：细菌

• 密度：1.165g/cm3
• 沸点：605.8ºC at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：334.2ºC

鲁索利替尼磷酸盐

Ruxolitinib phosphate是一种有效的 JAK1/2 抑制剂, IC50 分别为3.3 nM/2.8 nM,比JAK3选择性高130倍。

• CAS号：1092939-17-7
• 分子式：C₁₇H₂₁N₆O₄P
• 分子量：404.360
• 类别：自噬

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

9-羟基十八酸

9-羟基十八烷酸(9-HSA)是一种HDAC1抑制剂,在5μM时可抑制约66.4%的HDAC1酶活性。9-羟基十八烷酸显示出抗癌活性[1]。

• CAS号：3384-24-5
• 分子式：C₁₈H₃₆O₃
• 分子量：300.48
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

软木肟酸

Suberoyl bis-hydroxamic acid (Suberohydroxamic acid; SBHA) 是竞争性且可透过细胞的 HDAC1 和 HDAC3 抑制剂,ID50 值分别为 0.25 μM 和 0.30 μM。Suberoyl bis-hydroxamic acid 使肿瘤细胞易于凋亡 (apoptosis) 并促进线粒体凋亡途径。Suberoyl bis-hydroxamic acid 可用于甲状腺髓样癌 (MTC) 的研究。

• CAS号：38937-66-5
• 分子式：C₈H₁₆N₂O₄
• 分子量：204.224
• 类别：HDAC

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：153-155ºC(lit.)
• 闪点：N/A

ARTD10/PARP10-IN-1

ARTD10/PARP10-IN-1(化合物23)是一种有效的非选择性PARP抑制剂,靶向单ADP核糖转移酶ARTD7/PARP15、ARTD8/PARP14、ARTD10/PPARP10和多(ADP核糖)聚合酶-1(ARTD1/PARP1),IC50分别为1.7μM、1.6μM、0.8μM和4.4μM[1]。

• CAS号：1708103-76-7
• 分子式：C₁₂H₁₂N₂O₄
• 分子量：248.23
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

4,5,7,8,-四甲氧基黄酮

6-​Demethoxytangeretin 6-去甲氧基三苯甲基黄嘌呤是从柑橘 (Citrus depressa) 分离的黄酮。 6-Demethoxytangeretin 具有抗炎和抗过敏活性,通过间变性淋巴瘤激酶 (ALK) 和丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK) 途径抑制人肥大细胞中 IL-6 的产生和基因表达。6-​Demethoxytangeretin 促进 CRE 介导的转录 (与海马神经元的学习和记忆相关)。

• CAS号：6601-66-7
• 分子式：C₁₉H₁₈O₆
• 分子量：342.343
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.243±0.06 g/cm3
• 沸点：536.9±50.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：216-217 ºC
• 闪点：237.5±30.2 °C

NCGC00244536

NCGC00244536是高效的 KDM4B 抑制剂,IC50 值为10 nM。

• CAS号：2003260-55-5
• 分子式：C₂₅H₂₂N₂O₂
• 分子量：382.45
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

丹参二醇C

丹参二醇C是一种S-腺苷甲硫氨酸竞争性EZH2(组蛋白甲基转移酶)抑制剂,IC50为0.55μM,用于抑制甲基转移酶活性。丹参二醇C也是巨噬细胞中Nrf2和Sirtuin 1(Sirt1)的激活剂。丹参二醇C具有抗癌活性,可用于动脉粥样硬化研究[1][2]。

• CAS号：97465-71-9
• 分子式：C₁₈H₁₆O₅
• 分子量：312.317
• 类别：抗衰老酶

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：561.5±50.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：293.4±30.1 °C

DOT1L-IN-1

Dot1L-IN-1是高效,选择性,结构新颖的 Dot1L 抑制剂,Ki 为2 pM。

• CAS号：2088518-50-5
• 分子式：C₃₂H₃₆ClN₉O₂S
• 分子量：646.21
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

MI-2-2

MI-2-2是一种有效的梅宁MLL抑制剂。MI-2-2以低纳摩尔亲和力(Kd=22nM)与menin结合,并非常有效地破坏menin和MLL之间的二价蛋白质-蛋白质相互作用。MI-2-2在MLL白血病细胞中具有特异且非常显著的活性,包括抑制细胞增殖、下调Hoxa9表达和分化[1]。

• CAS号：1454920-20-7
• 分子式：C₁₇H₂₀F₃N₅S₂
• 分子量：415.499
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.5±0.1 g/cm3
• 沸点：515.1±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：265.3±32.9 °C

N-羟基-3-[1-(苯基硫代)甲基-1H-1,2,3-三氮唑-4-基]苯甲酰胺

NCC-149是一种选择性HDAC8抑制剂,可用于神经分化研究[1]。

• CAS号：1316652-41-1
• 分子式：C₁₆H₁₄N₄O₂S
• 分子量：326.373
• 类别：HDAC

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：153 °C(dec.)
• 闪点：N/A