N,N'-二-BOC-S-甲基异硫脲（CAS 107819-90-9）是合成N,N'-双Boc-胍衍生物的关键胍基化试剂。其活性中心为异硫脲结构的硫代亚胺碳原子。当与伯胺或仲胺反应时，胺的氮原子对该碳原子发生亲核加成，形成四面体中间体，随后S-甲基以甲硫醇负离子形式离去，经质子转移生成甲硫醇（CH₃SH）和双Boc-胍目标产物。每消耗1 mol该试剂，必然生成1 mol甲硫醇，因此甲硫醇的捕集与无害化处理是该反应工艺不可分割的一部分。
甲硫醇沸点为6 ℃，室温下即呈气态，具有极强的腐烂臭味，嗅阈值低于0.002 ppm，空气中允许接触阈限值仅为0.5 ppm。甲硫醇同时具有弱酸性，pKa为10.3，这一性质是设计去除方案的核心依据。其化学性质活泼，易与氧化剂发生放热反应，因此处理过程必须兼顾捕集效率与反应安全性。
去除甲硫醇的第一道工序是碱液固定。将反应结束后的混合物用氢氧化钠溶液调节至pH大于12，甲硫醇迅速转化为甲硫醇钠：
CH₃SH + NaOH → CH₃SNa + H₂O
甲硫醇钠为水溶性离子化合物，蒸汽压极低，完全不向气相释放。该步骤将气态恶臭污染物转化为非挥发性盐，为后续氧化处理创造条件。必须强调，这一体系必须保持碱性，一旦pH降至10以下，甲硫醇钠会水解并重新释放甲硫醇，造成二次污染。
碱液固定后的甲硫醇钠需进一步彻底氧化，最终除去硫的还原性。最可靠的氧化剂是次氯酸钠。在常温液相条件下，次氯酸钠将甲硫醇钠或甲硫醇直接氧化为甲磺酸或甲磺酸钠，反应方程式为：
CH₃SNa + 3NaClO → CH₃SO₃Na + 3NaCl
该反应为不可逆的快速反应。硫原子从−2价被氧化至磺酸根中的高价态，氯原子由+1价还原为−1价。生成的甲磺酸钠完全溶于水，无气味，化学性质稳定，生化需氧量低，经稀释或中和后可直接纳入废水处理流程。在工程实施中，将含甲硫醇的尾气通入装填10%质量分数次氯酸钠溶液的填料吸收塔，气液逆流接触，吸收液中保持有效氯过量，出口甲硫醇浓度可降至检测限以下。对于碱洗后的水相，直接按化学计量加入次氯酸钠溶液搅拌，在室温下反应30分钟即可完成氧化。
若体系中不希望引入氯离子，可采用过氧化氢作为替代氧化剂。过量的过氧化氢在酸性条件下将甲硫醇氧化为甲磺酸：
CH₃SH + 3H₂O₂ → CH₃SO₃H + 3H₂O
该反应同样将甲硫醇转化为无味的水溶性甲磺酸，且副产物只有水。反应需要在密闭搅拌釜中进行，过氧化氢用量为理论量的3倍以上，并控制温度不超过40 ℃以防止局部剧烈放热。过氧化氢氧化适合对含氯量有严格限制的后处理体系，但反应时间较长，通常需要2小时以上。
在实际工艺中，应采用两级串联处理模式。第一级为碱洗塔，以5%至10%的氢氧化钠溶液循环喷淋，将气流中的甲硫醇快速固定为甲硫醇钠。第二级为氧化塔，以次氯酸钠溶液循环喷淋，将残余甲硫醇及第一级未能完全吸收的少量甲硫醇彻底氧化。反应器顶部必须连接尾气总管，并保持微负压操作，防止甲硫醇从加料口或密封点逸散。所有含甲硫醇的废液统一收集至氧化储罐，加入过量次氯酸钠并在碱性条件下搅拌，确认氧化还原电位保持正值且无硫醇气味后，方可进行后续废水处置。设备材质选用聚四氟乙烯或316L不锈钢，严禁使用铜质或碳钢部件，因甲硫醇对多种金属具有腐蚀性并可能生成金属硫醇盐。
通过上述碱液固定与次氯酸钠氧化的组合工艺，每摩尔N,N'-二-BOC-S-甲基异硫脲反应产生的甲硫醇被定量转化为甲磺酸钠，彻底消除恶臭与急性毒性。该方法化学计量明确，操作条件温和，适用于从实验室规模到工业生产的全部场景，并且不产生硫磺或二甲基二硫等二次恶臭产物，是处理该反应副产物的最终可靠方案。