103404-90-6

• 常用中文名：2-羟基-D-谷氨酸 二钠盐
• 常用英文名：D-2-Hydroxypentanedioic acid disodium salt
• CAS号：103404-90-6
• 分子式：C₅H₆Na₂O₅
• 分子量：192.078
• 相关类别： 生物化工 氨基酸及其衍生物 谷氨酸类衍生物
• 发布时间：2018-09-27 18:49:41
• 更新时间：2024-01-02 17:57:10
• D-alpha-Hydroxyglutaric acid disodium salt 是一种稍弱的竞争性 α-酮戊二酸 (α-KG) 依赖性双加氧酶抑制剂，其 K_i 值为 10.87±1.85 mM。而L-Hydroxyglutaric acid 的 K_i 值为 0.628±0.036 mM。

名称

• 中文名: (R)-2-羟基戊二酸二钠盐
• 英文名: disodium,(2R)-2-hydroxypentanedioate
• 中文别名: D-A-羟基戊二酸二钠; 2-羟基-D-谷氨酸
• 英文别名: D-2-Hydroxypentanedioic acid disodium salt; (R)-2-hydroxypentanedioic acid,disodium salt; (R)-2-hydroxy-glutaric acid,disodium-salt; Disodium 2-hydroxypentanedioate; D-(+)-2-hydroxyglutaric acid sodium salt; Pentanedioic acid, 2-hydroxy-, sodium salt (1:2); D-2-Hydroxyglutaric Acid Disodium Salt; (R)-2-Hydroxy-glutarsaeure,Dinatrium-Salz; D-|A-Hydroxyglutaric acid disodium salt; (2R)-2-Hydroxyglutaric Acid Disodium Salt; Disodium (2R)-2-hydroxypentanedioate; Sodium (R)-2-hydroxypentanedioate; Pentanedioic acid, 2-hydroxy-, sodium salt, (2R)- (1:2); D-alpha-Hydroxyglutaric acid (disodium salt)

物化性质

• 熔点: >291°C (dec.)
• 分子式: C₅H₆Na₂O₅
• 分子量: 192.078
• 精确质量: 192.001068
• PSA: 100.49000
• 储存条件: −20°C
• 计算化学:

  1.疏水参数计算参考值（XlogP）:无

  2.氢键供体数量:1

  3.氢键受体数量:5

  4.可旋转化学键数量:2

  5.互变异构体数量:无

  6.拓扑分子极性表面积:101

  7.重原子数量:12

  8.表面电荷:0

  9.复杂度:130

  10.同位素原子数量:0

  11.确定原子立构中心数量:1

  12.不确定原子立构中心数量:0

  13.确定化学键立构中心数量:0

  14.不确定化学键立构中心数量:0

  15.共价键单元数量:3

生物活性

• 描述: D-alpha-Hydroxyglutaric acid disodium salt 是一种稍弱的竞争性 α-酮戊二酸 (α-KG) 依赖性双加氧酶抑制剂,其 Ki 值为 10.87±1.85 mM。而L-Hydroxyglutaric acid 的 Ki 值为 0.628±0.036 mM。
• 相关类别:
  信号通路 >> 其他 >> 其他
  研究领域 >> 癌症
• 靶点:

  Ki: 10.87±1.85 mM (α-KG)[1]

• 体外研究: 加入50mM和100mM的D-α-羟基戊二酸(D-2-HG)分别导致部分和几乎完全抑制CeKDM7A。为了进一步检查α-KG和D-2-HG之间的相互作用模式,将CeKDM7A与固定浓度(50mM)的D-2-HG和增加量的α-KG一起温育。在50mM D-2-HG和100μMα-KG的存在下观察到KDM7A对H3K9me2和H3K27me2肽的部分抑制。添加300μMα-KG能够逆转50mM D-2-HG对CeKDM7A的抑制,表明D-2-HG是针对CeKDM7A去甲基化酶的α-KG的弱竞争性抑制剂。 D-2-HG,Ki为10.87±1.85 mM,用于抑制KDM5B/JARID1B/PLU-1 [1]。 D-α-羟基戊二酸(R-2HG)增加秀丽隐杆线虫的寿命。 (R)-2HG与α-KG依赖性双加氧酶明显相互作用。在表达IDH1(R132H)的U87和HCT116细胞中,细胞内(R)-2HG水平比对照细胞高20-100倍。升高的(R)-2HG水平与用辛基(R)-2HG处理的细胞中发现的水平相当,并且报道了IDH1-突变肿瘤样品的水平[2]。
• 激酶实验: 为了测定人JHDM1A / KDM2A去甲基酶对H3K36me2的活性，首先通过将pET28a-JHDM1A转化到大肠杆菌BL21中获得His标记的JHDM1A，并且当细胞密度达到0.5OD600单位时，通过在30℃下加入1mM IPTG诱导蛋白质表达。通过超声裂解细胞，并使用Ni-NTA琼脂糖纯化His-JHDM1A融合蛋白。通过在组蛋白去甲基化缓冲液[50mM HEPES（pH 8.0），625μMFe（NH 4）中孵育2μg寡核小体，4μg纯化的His-JHDM1A和/或10-50mM D-2-HG进行组蛋白去甲基化测定。 2（SO4）2,0.1-0.5mMα-KG，2mM抗坏血酸盐]在37℃下2-3小时，通过加入SDS上样缓冲液终止反应，随后使用抗H3K36me2抗体通过蛋白质印迹分析。 。为了测量针对H3K9me2和H3K27me2的CeKDM7A去甲基化酶活性，使用两种合成的二甲基化肽H3K9me2 [ARTKQTARK（me2）STGGKA]和H3K27me2 [QLATKAARK（me2）SAPAS]作为底物。脱甲基酶测定在10μg酶，1μg肽在20μl缓冲液20mM Tris-HCl（pH 7.5），150mM NaCl，50μM（NH 4）2 Fe（SO 4）2,100μMα-KG存在下进行。 ，2mM Vc，10mM PMSF，3小时。通过C18 ZipTip使去甲基化反应混合物脱盐。为了检测2-HG的抑制作用，在加入其它反应混合物之前，将各种浓度的2-HG与KDM7A一起温育。通过MALDI-TOF / TOF质谱仪分析样品[1]。
• 细胞实验: 将U87细胞，HCT116IDH1（R132H / +）细胞和HEK293细胞接种在12孔板中，并在过夜温育后用指定浓度的每种化合物（例如，400和800μMD-2-HG）处理。收获后，用吖啶橙（AO）和DAPI染色细胞。基于NC3000测量的AO和DAPI荧光测量细胞数和活力[2]。
• 参考文献:

  [1]. Xu W, et al. Oncometabolite 2-hydroxyglutarate is a competitive inhibitor of α-ketoglutarate-dependent dioxygenases. Cancer Cell. 2011 Jan 18;19(1):17-30.

  [2]. Fu X, et al. 2-Hydroxyglutarate Inhibits ATP Synthase and mTOR Signaling. Cell Metab. 2015 Sep 1;22(3):508-15.

安全

• 个人防护装备: Eyeshields;Gloves;type N95 (US);type P1 (EN143) respirator filter
• 危险品运输编码: NONH for all modes of transport
• WGK德国: 3
• 海关编码: 29181990